secondo me la verità sta nel mezzo:
il lavoro di grafica che tu svolgi può servire a colpire un editore, soprattutto se l'hai realizzata in modo funzionale, e il prototipo ne risulta più giocabile.
Però ricordiamo sempre una cosa fondamentale: se un editore decide di pubblicare il tuo gioco, è lui che paga, quindi le scelte grafiche spettano a lui ed è per questo libero di scartare in toto quello che hai fatto tu.
Quindi, secondo me:
se la grafica serve a rendere il prototipo più chiaro, allora non è per nulla tempo sprecato, anzi.
Se invece è pura estetica… beh, falla se ti diverte e ti soddisfa. Se per te è un peso o un impiego di tempo troppo oneroso, lascia pure stare.
E soprattutto, sii pronto psicologicamente a vederla cambiare 
Ciao!
Mario Sacchi - Post Scriptum
http://postscriptum-games.it
Il mondo è bello perché è Mario